Можно ли в терминале MoonBot автоматически удалять на бирже нулевые позиции с отрицательной маржой, которые возникают после ликвидации больше 100% на изолированной марже?

Да, можно. Для этого в терминале MoonBot на вкладке Настройки – Специальные – Настройки движка убедитесь, что установлена галочка около параметра AutoClose Zero positions: удалять нулевые позиции с отрицательной маржой, которые возникают после ликвидации больше 100% на изолированной марже. По умолчанию данная галочка включена.