Я боюсь, что при автообновлении терминала MoonBot, если у меня открыты сделки и есть незакрытые Sell ордера, то я не смогу их контролировать, есть ли защита от этого?

Да, для этого на вкладке Настройки – Автостарт нужно установить галочки напротив параметра: “Автообновление версии бота” и дополнительно напротив параметра “Ждать, если есть открытые sell”. MoonBot дождется пока все сделки не закроются и только потом сделает автообновление новой версии. Данная настройка не влияет на ручное автообновление и на команду в телеграм “DoUpdate”.